换锦花EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

摘要：

为开发换锦花EST-SSR标记和分析其遗传多样性,本研究利用MISA软件对换锦花转录组信息进行SSR位点检测,再利用Primer3.0设计引物,经PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物的有效性和多态性,并绘制换锦花种质资源的聚类图.结果表明,共检测到9 918个SSR位点,发生频率为18.59％,分布距离为3.729 kb;SSR位点重复单元为1～3个碱基,其中,单碱基重复＞三碱基重复＞二碱基重复,分别占SSR总数的61.08％、23.22％和14.23％,四碱基及以上重复单元相对较少.共设计出9 302对SSR引物,随机选取并合成278对引物进行PCR扩增,能够清晰扩增出的引物有185对(66.55％),在石蒜属的七个种中具有多态性的有59对(31.89％),其中11对(18.64％)能够在浙江和江苏种群的30份换锦花种质资源表现出丰富的多态性.综上,本研究开发的EST-SSR标记具有丰富的多态性,在换锦花以及石蒜属植物的遗传多样性分析、杂交种鉴定及遗传图谱的构建应用中具有重要意义.

关键词：换锦花、转录组、EST-SSR、多态性、遗传多样性

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资助基金：国家自然科学基金项目31670696;浙江省“十三五”林木新品种选育专项2016C02056

在线出版日期：2018-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1089-1096