山东小毛驴全基因组选择信号检测

摘要：

为研究不同驴品种间的群体分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘山东小毛驴(SDL)重要性状相关的候选基因,基于山东小毛驴和德州驴的三粉类群(DZS)、德州驴的乌头类群(DZW)、广灵驴(GL)以及华北驴(NC)等5个驴群体共计60个个体全基因组重测序数据,利用群体遗传分化系数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)方法检测山东小毛驴与其他驴群体间的选择信号,共找到39个落入选择信号区域的候选基因.与DZS群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是Fsip1、AHNAK2、CTAGE2、CYP3A12、LOC106830441;与DZW群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是NKG2DL1、KLK1E2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932;与GL群体相比,检测出强选择信号候选基因6个,分别是NKG2DL1、AHNAK2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932、LOC106848008;与NC群体相比,检测出强选择信号候选基因2个,分别是CTAGE2、FAM170A.这些候选基因主要在免疫、生殖、细胞作用等通路中发挥重要的作用,说明山东小毛驴在免疫力和生殖能力等性状上经历了人工选择.

关键词：山东小毛驴、基因组重测序、选择信号、候选基因、遗传分化系数

所属期刊栏目：50

分类号：S822(家畜)

资助基金：山东省农业良种工程重大课题;山东省现代农业产业技术体系驴创新团队建设专项;山东省重点区域引进急需人才项目;山东省农业重大应用技术创新项目;内蒙古自治区科技厅关键技术攻关计划项目

在线出版日期：2021-03-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：145-150