H9N2禽流感病毒全基因组密码子使用偏好性及影响因素分析

摘要：

[目的]探究H9N2禽流感病毒(AIV)全基因组的密码子使用偏好性及影响因素.[方法]选取2010—2018年国内H9N2 AIV流行毒株的全基因组为研究对象,分析其碱基组成特性、最优密码子、密码子使用偏好性的影响因素以及病毒对宿主密码子使用模式的适应性.[结果]H9N2 AIV的全基因组中AU含量高于GC.大部分最优密码子以A或U结尾,有效密码子数(ENC)平均值为52.86,提示存在密码子使用偏好性但偏好性较低.密码子使用偏好性主要受到突变压力和自然选择的共同作用,其中自然选择(所占比例为61.79％～76.15％)作用大于突变压力(所占比例为23.85％～38.21％).H9N2 AIV对人Homo sapiens的密码子适应指数平均值为0.739～0.741,提示H9N2 AIV禽流感病毒可能已适应人类的密码子使用模式.[结论]本研究为H9N2 AIV的基因进化分析、已有疫苗的密码子优化和新型疫苗(密码子去优化疫苗)研制提供了理论依据.

关键词：H9N2禽流感病毒、密码子使用偏好性、自然选择、突变压力

所属期刊栏目：41

分类号：S852.659.5(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家重点研发计划;江苏肉鸡生产全程关键技术集成示范应用[TG17003

在线出版日期：2020-05-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：15-22