相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

摘要：

在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中k=4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.

关键词：相异度算法d2S、邻接法(NJ)、k-mer、16S rRNA、噬菌体

所属期刊栏目：47

分类号：Q71(生物大分子的结构和功能)

资助基金：国家自然科学基金资助项目11205061;广东省科技计划项目2016A010101020

在线出版日期：2019-10-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：136-141,148