基于MethylMix法探索结肠癌甲基化驱动基因

摘要：

目的 应用MethylMix法,筛选结肠癌甲基化驱动基因,分析其潜在功能及通路.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)下载结肠腺癌甲基化阵列及表达谱数据,在R3.5.0环境下,利用MethylMix R包对结肠腺癌甲基化驱动基因进行挖掘,将有显著差异并与基因表达显著相关的基因看成甲基化驱动基因,最后对筛选的甲基化驱动基因进行功能及通路富集分析,分析其潜在的生物学功能及通路.结果 基于MethylMix算法,共发现323个甲基化驱动基因,包括ZNF43、FAM72B、CAHM等,通过对甲基化驱动基因的功能富集分析显示,发现这些甲基化驱动基因可能与转录的调控、DNA模板、结合DNA、核酸结合、代谢途径、癌症途径等信号有关.结论 基于MethylMix法探索甲基化驱动基因的方法是科学、高效的,本研究发现的甲基化驱动基因为结肠癌表观遗传学调控机制提供了参考.

关键词：结肠癌、DNA甲基化、驱动基因

所属期刊栏目：41

分类号：R735.35(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;中国博士后科学基金;第二军医大学精准医学转化应用研究专项项目

在线出版日期：2020-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：29-32,55