人口腔鳞癌差异表达谱的全基因组分析

摘要：

目的 口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)及正常组织的差异表达谱进行全基因组分析.方法 采用全基因组表达谱芯片检测3例OSCC及正常组织的转录本,确定OSCC的lncRNA和mRNA差异表达谱.通过构建差异表达基因的lncRNA-mRNA共表达网络,挖掘网络节点基因.利用GO及KEGG富集分析,探究差异表达lncRNA潜在的生物学功能.通过cis和trans调控角度,预测差异表达lncRNA潜在的靶基因.选取部分差异表达lncRNA,进行qRT-PCR验证.结果 芯片筛选出差异表达lncRNA 2294条和mRNA 1938条;lncRNA TMPRSS11BNL、lnc-WRN-10:1是共表达网络的节点基因;GO分析显示,差异表达mRNA富集度的前三GO term是interleukin-1 binding、response to interferon-alpha和establishment of epithelial cell apical/basal polarity;KEGG分析显示,差异表达mRNA主要富集在38种生物学途径,包括许多癌症相关通路;靶基因预测表明,1470条差异表达lncRNA具有cis或trans调控靶基因的潜能;qRT-PCR验证与芯片结果相一致.结论 lncRNA在OSCC与正常组织中具有差异表达,节点lncRNA是OSCC发病的潜在关键基因.

关键词：口腔鳞癌、长链非编码RNA、共表达网络、富集

所属期刊栏目：44

分类号：R739.8(肿瘤学)

资助基金：河北省医学科学研究课题20200102

在线出版日期：2022-06-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1291-1296