食管鳞状细胞癌相关miRNA的生物信息学分析

摘要：

目的:应用生物信息学方法,分析食管鳞状细胞癌miRNA表达谱,筛选差异miRNA并预测其靶基因,分析其生物学功能.方法:下载GEO数据库食管鳞状细胞癌miRNA表达谱芯片数据GSE114110,应用GEO2R软件对数据进行处理分析,筛选差异表达miRNA;应用GEO数据库食管鳞状细胞癌miRNA表达谱芯片数据GSE97049、GSE59973、GSE55856、GSE43732对所筛选出的差异表达miRNA进行验证;应用miRNet预测其靶基因;采用DAVID进行生物功能富集分析;通过String、Cyto-scape构建靶基因的蛋白-蛋白互作网络并筛选Hub基因,进一步构建miRNA-Hub gene网络;利用star-Base在线分析工具分析Hub基因的表达情况.结果:分析GSE114110芯片数据共筛选出159个DE-miRNAs,在食管癌组织中表达上调的86个,下调的73个.预测上调幅度前三名和下调幅度前三名miRNA的靶基因1700个,它们参与癌症通路、黏着斑、p53信号通路等.在P P I网络中,靶基因连通度最高的前十名为Hub基因,如MAPK1等.通过构建miRNA-Hub gene网络,我们发现大部分Hub基因都可能被hsa-miR-196a-5p和hsa-miR-1调控.hsa-miR-1调控的7个靶基因CDC42、POLR2K、PIK3CA、POLR2I、HIST2H2AC、FN1、VEGFA的表达在ESCC组织中较正常组织明显上调,hsa-miR-1与靶基因之间存在着负相关关系.因此,显著上调的7个基因可能是下调hsa-miR-1的靶点.结论:通过生物信息学方法分析食管鳞癌组织和正常上皮组织的差异DE-miRNAs表达,最终筛选出2个差异显著的miRNA和7个关键的Hub基因为进一步研究食管鳞癌的分子标志物和分子机制提供指导.

关键词：食管鳞状细胞癌、microRNA、生物信息学分析、GSE114110

资助基金：河北省杰出青年科学基金,编号:H2015206471

在线出版日期：2020-07-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：925-931