玉米DUF668基因家族全基因组鉴定及其表达分析

摘要：

未知功能域668(DUF668)家族是植物中一个功能尚不清楚的家族.为了解玉米DUF668基因家族成员及其特征,运用生物信息学方法对ZmDUF668基因家族进行鉴定分析.结果表明,玉米8条染色体上共分布19个Zm-DUF668基因,分别命名为ZmDUF668-1～ZmDUF668-19;ZmDUF668蛋白以碱性蛋白为主,且大部分成员定位于细胞核、细胞质和叶绿体中.多物种系统进化树将19个ZmDUF668家族蛋白成员分为2个亚组;19个ZmDUF668中鉴定出10种蛋白保守基序,所有成员都含有Motif 1和Motif 5;通过对蛋白保守域分析发现,19个成员中有14个不仅含有DUF668结构域还含有DUF3475结构域;基因结构分析表明,同一亚群中成员基因结构相似.根据共线性分析可知,13个ZmDUF668基因与10个OsDUF668组合形成21种共线性关系.ZmDUF668顺式作用元件分析发现,家族成员启动子区域分布着光响应、植物激素及非生物胁迫相关作用元件.蛋白质互作网络(PPI)预测结果表明,ZmDUF668家族蛋白中只有ZmDUF668-10与其他蛋白存在互作关系.通过RNA-Seq数据分析发现,ZmDUF668基因家族部分成员在受到冷、热、盐胁迫和紫外处理下基因表达量明显变化,实时荧光定量PCR试验验证了 ZmDUF668家族部分成员在冷胁迫和热胁迫下的响应.研究主要是将生物信息学运用于对玉米DUF668基因家族的分析,揭示了 ZmDUF668基因家族成员的特征,为后续研究玉米DUF668家族基因的分子生物学功能提供了理论基础.

关键词：玉米、未知功能结构域668、基因家族、生物信息学、基因表达

所属期刊栏目：39

分类号：S513.03(禾谷类作物)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;湖北省高等学校优秀中青年科技创新团队项目;湖北省自然科学基因创新群体项目

在线出版日期：2024-09-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：20-30