基于RNA-seq的番茄青枯病响应基因鉴定与表达分析

摘要：

为了挖掘番茄青枯病抗性基因,对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq).结果发现,在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据,以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)<0.01为标准,在抗、感番茄中分别获得970,695个差异表达基因(DEGs),共计1312个,占基因总数的3.71％.其中,上调基因数目分别为457,450个,共计693个;下调基因数目分别为513,245个,共计621个.这些DEGs中,有836个材料特异DEGs.通过GO和KEGG注释,这些DEGs主要分为代谢、调控、响应、结合和催化等47个功能组和DNA复制、次生物质合成、植物-病原物互作、信号转导等88个代谢通路,涉及4个NBS类抗病基因、6个植病互作基因、11个植物激素信号转导基因、22个防御反应基因、32个蛋白激酶、65个转录因子和多个其他重要功能基因,表明这些基因在响应Rs方面扮演着重要角色.启动子分析发现,这些基因含有多个防御与胁迫响应相关元件.选取50个代表基因进行RT-qPCR验证,发现超过1/2的基因表达变化趋势与RNA-seq结果一致.Solyc02g086980.3和Solyc04g011670.3可能参与抗病反应,Solyc01g073985.1、Solyc09g092580.4、Solyc09g098100.4和Solyc10g081300.1可能参与感病反应.这些基因表达谱有助于认识番茄青枯病抗性分子基础,进而加快基因改良和分子育种应用.

关键词：番茄、青枯菌、转录组、差异表达基因、基因注释、定量表达

所属期刊栏目：37

分类号：Q78;S641.03(基因工程（遗传工程）)

资助基金：浙江省农业新品种选育重大科技专项子课题;温州市基础性科研项目;温州国家农业科技园区开放性项目;温州市农业新品种选育协作组项目

在线出版日期：2022-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：171-182