脊髓损伤后肌肉萎缩lncRNA⁃miRNA⁃mRNA调控网络的筛选及验证

摘要：

目的:基于生物信息学分析挖掘脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)后肌肉萎缩的关键靶点,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,通过动物实验验证关键调控网络在SCI后肌肉萎缩中的表达变化,为SCI后肌肉萎缩发病机制及治疗寻求新的研究方向.方法:从GEO数据库下载GSE21497数据集,进行差异表达基因筛选、WGCNA处理,再结合在线预测数据库筛选出关键mRNA,利用DAVID数据库对关键mRNA进行GO、KEGG富集分析,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,挑选出关键调控基因,然后采用RT-qPCR进行验证.结果:(1)共筛选出差异表达基因1405个,结合WGCNA和在线数据库预测,共得到30个关键mRNA;(2)GO、KEGG富集分析发现其主要在神经元的再生、保护、信号传递等功能及HIF信号通路、PD-L1表达和PD-1检查点通路显著富集;(3)筛选出4个(LINC00410/miR-17-5p/KCNK10、LINC00410/miR-17-5p/PCDHA3、LINC00410/miR-20b-5p/KCNK10、LINC00410/miR-20b-5p/PCDHA3)关键调控网络;(4)RT-qPCR实验结果显示,与对照组相比,观察组模鼠miR-17-5p、miR-20b-5p表达上升,KCNK10、PCDHA3表达下降.结论:miR-17-5p、miR-20b-5p、KCNK10、PCDHA3在神经元的再生、保护、信号传递可能具有重要的调控作用,有望成为SCI后肌肉萎缩诊疗及康复的新靶点.

关键词：脊髓损伤、肌肉萎缩、生物信息学、lncRNA-miRNA-mRNA、WGCNA

所属期刊栏目：29

分类号：R651.2(外科学各论)

资助基金：国家自然科学基金;广西自然科学基金项目;广西科技重点研发项目;广西自然科学基金青年基金项目

在线出版日期：2023-05-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：694-702