10.13210/j.cnki.jhmu.20210831.001
基于生物信息学筛选并综合分析肝细胞癌关键基因
目的:通过生物信息技术,检索肝细胞癌(LIHC)相关基因及对相关基因进行深入分析.方法:利用基因数据表达库(GEO)检索"LIHC"词条,下载GSE109903芯片数据,通过生信分析筛选对照组及组差异表达基因,对所获得差异表达基因进行GO功能分析、KEGG通路分析、差异基因特征表达分析并作可视化处理;蛋白互作网络分析并作可视化处理,筛选与LIHC相关性较强的核心基因EEF1A1与HK2.通过GEPIA、Kaplan?Meier plotter、GeneMANIA、Timer2.0数据库进行分析,明确LIHC关键基因的差异表达、预后价值和免疫细胞浸润情况.结果:共筛选到1059个差异表达基因,包括637个上调基因、872个下调基因;功能分析显示差异基因主要参与以DNA为模版的正向转录调控、核体功能、核染色质功能、RNA结合等过程;通路分析显示差异基因参与系统性红斑狼疮、酒精中毒等疾病通路与RNA聚合酶Ⅰ启动子开放通路等;差异基因特征表达分析显示与差异基因特征相似的药物主要有CDC抑制剂、前列腺素、血清素受体拮抗剂、BAF转录阻遏抑制剂、酪氨酸磷酸酶抑制剂等;蛋白互作网络分析显示与LIHC相关的基因主要有EEF1A1、HK2、FAM38A、LAMB3等;选取EEF1A1与HK2两个基因进一步进行GEPIA分析,分析结果显示EEF1A1与HK2 mRNA在LIHC癌组织中表达较正常组织中高,并且与LIHC患者的病理分期和总生存率、无病生存率呈显著相关;EEF1A1与HK2可能是LIHC患者生存的潜在预后生物标志物;此外,差异表达的EEF1A1与HK2功能主要分别与翻译因子活性、分子伴侣介导的自噬和碳水化合物分解代谢过程、嘌呤核苷二磷酸代谢过程有关;免疫细胞浸润情况显示EEF1A1与HK2的表达与多种免疫细胞的浸润显著相关,包括6种类型的免疫细胞:CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、B细胞、CD8+T细胞和树突状细胞.结论:通过筛选差异表达基因,明确在LIHC发展过程中关键基因,为LIHC患者生存筛选潜在的预后生物标志物,同时本研究为LIHC临床治疗提供新思路和方案.
肝细胞癌、生物信息学、差异表达基因、免疫浸润
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R575(消化系及腹部疾病)
国家自然科学基金81603418
2022-11-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共10页
1634-1643
