基于表观遗传因子的肝细胞癌预后模型的构建和验证

摘要：

目的:探究肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关的miRNA和表观因子的靶向关系,识别miRNA靶向的表观因子对肝细胞癌预后的潜在影响.方法:通过肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载全部HCC样本的mRNA和miRNA测序数据,使用R程序对测序数据进行差异分析.将患者生存时间、生存状态与差异表达miRNA表达数据合并,使用单因素和多因素COX风险回归构建miRNA的风险评分模型.预测模型中miRNA靶基因及下载所有的表观因子,并筛选出具有差异表达的表观因子(the differentially expressed epigenetic factors,DEEFs).然后,建立miRNA靶向DEEFs的调控网络,对网络里的表观因子进行富集分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络和选择网络中的核心基因,最后用Kaplan-Meier(K-M)法分析表观因子与患者生存预后的关系并予以验证.结果:使用Edge算法鉴定出305个差异表达的miRNA,COX分析最终筛选出hsa-miR-139-5p、hsa-miR-101-3p和hsa-miR-7-5p(miR-139-5p、miR-101-3p和miR-7-5p)作为HCC患者总生存期(overall survival,OS)的预测因子.此外,识别出34个miRNA靶向的DEEFs,其中EZH2、PKM、HJURP和CHEK1对肝细胞癌生存有显著影响.结论:本研究成功建立了肝细胞癌miRNA靶向表观因子的预后模型,并筛选出与肝细胞癌预后显著相关的表观因子.为HCC治疗提供新的潜在的预后生物标志物和治疗靶点,且为HCC后续的基础研究奠定了理论基础.

关键词：肝细胞癌、表观因子、微小RNA、TCGA

所属期刊栏目：28

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81960549

在线出版日期：2022-07-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：910-920