基于生物信息学分析肝细胞癌miRNA的差异表达及其功能预测

摘要：

目的:基于生物信息学分析肝细胞癌miRNA的差异表达及其功能预测,为肝细胞癌的早期诊断和干预治疗提供新的思路.方法:利用GEO数据库获取肝细胞癌非编码RNA表达数据集,使用R(v 3.6.0)通过limma包、pheatmap包筛选差异miRNA并进行可视化.对差异miRNA进行转录因子预测,同时进行信号通路分析和GO富集分析并进行可视化.结果:在肝细胞癌组织中共筛选出37个miRNA表达具有差异,得到比较有意义的转录因子分别为EGR1、POU2F1、SP1、NKX6-1、MEF2A、FOXA1、SP4、NFIC、RREB1、ARID3A、HOXA5、HNF4A、HOXD8、RORA、LHX3、POU3F2、FOXJ2、POU5F1、NKX2-1、SOX1;发现差异的miRNA主要位于细胞核、细胞质区域,具有丝/苏氨酸激酶活性、受体信号复合体支架活性、转录活性调节及转录因子活性调节等分子功能,参与核酸调控、信号转导等生物过程;可能通过表皮生长因子受体(EGFR)、IGF-1、γ-干扰素、膜雌激素受体等信号通路发挥作用,与血管内皮生长因子(VEGF)和血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血小板源生长因子(PDGF)、肝细胞生长因子受体(c-Met)、丝/苏氨酸蛋白激酶等介导的信号事件有关.结论:肝细胞癌中的差异miRNA与肿瘤的发生发展息息相关,部分差异miRNA可作为肝细胞癌早期诊断的潜在标志物,为肝细胞癌干预治疗提供新的思路.

关键词：肝细胞癌、miRNA、GEO

所属期刊栏目：26

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：武汉市科技攻关项目201161038342-02

在线出版日期：2020-06-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：760-764