突触分化诱导基因SynDIG1的5′调控区序列的生物信息学分析

摘要：

目的:研究突触分化诱导基因SynDIG1转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法:利用BLAST比对获得SynDIG1基因5′调控区序列；利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box；利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析SynDIG1基因5′调控区序列中启动子；利用在线分析软件CpG Island Searcher分析SynDIG1基因5′调控区序列中CpG岛位置；利用在线分析软件TFSEARCH分析SynDIG1基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果:SynDIG1基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box,没有GC-box和TATA-box；SynDIG1基因可能存在5个启动子位点；CpG岛为516bp区间(1686～2201 bp)；结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有406个潜在的转录因子结合位点；评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有168个潜在的转录因子结合位点；评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有72个潜在的转录因子结合位点；评分在99分以上(Score Threshold:99.0)时,该区域具有28个潜在的转录因子结合位点.结论:通过生物信息学的方法对于SynDIG1基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义.

关键词：突触分化诱导基因、SynDIG1、5′调控区、生物信息学

所属期刊栏目：19

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：海南省自然科学基金项目310052;海南医学院重点学科建设项目基金;海南医学院博士后科研启动基金

在线出版日期：2015-12-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：5-8