紧密连接蛋白claudin-10基因5'调控区序列的生物信息学分析

摘要：

目的:拟对claudin-10基因转录起始位点和启动子区域进行预测,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction、PROMOTER SCAN和PROMOTER 2.0分析claudin-10基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-10基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果:claudin-10基因5'调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444 bp区间(1700～2143 bp)或834 bp区间(1367～2200 bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点.结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实.

关键词：紧密连接蛋白、claudin-10、5’调控区、生物信息学

所属期刊栏目：16

分类号：R34(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：海南省自然科学基金项目310052;海南医学院博士后科研启动基金

在线出版日期：2015-12-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1392-1395