基于生物信息学探讨M2型巨噬细胞相关基因对肝癌患者预后及药物治疗效果的影响

摘要：

目的 探讨M2 型巨噬细胞相关基因对肝癌患者预后及药物治疗效果的影响.方法 (1)从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得374 例肝癌患者肝癌组织样本和50 个正常组织样本的基因表达数据,利用CIBERSORT算法获得与M2 型巨噬细胞具有相关性的肝癌组织样本,分析其基因表达与M2 型巨噬细胞相对含量的相关性,获得与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因.(2)使用R语言Bioconductor包对与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因进行基因本体论(GO)功能富集分析与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.(3)通过单因素COX回归分析及LASSO回归分析确定与M2 型巨噬细胞相关的肝癌预后基因,再根据获得的肝癌预后基因建立风险评分公式.根据风险评分将肝癌患者分为高风险组和低风险组,比较两组患者的生存时间.(4)从TCGA数据库下载肝癌基因突变数据,利用R语言limma包对高风险组和低风险组的肿瘤基因突变数据进行差异表达分析,得到两组的肿瘤突变负荷差异.利用R语言的oncoPredict包对肝癌患者的基因表达数据进行药物敏感性分析,再利用R语言limma包对高风险组和低风险组的药物敏感性结果进行差异分析.结果 (1)共获得与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因110 个.(2)GO功能富集分析结果显示,与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因涉及多种生物过程,包括内皮细胞发育;KEGG通路富集分析结果也显示内皮细胞发育信号通路是与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因涉及的主要通路.(3)最终获得4 个与M2 型巨噬细胞相关的肝癌预后基因,分别为CLEC3B、LMNB1、TAF9、SYNGR4.风险评分=-0.248×CLEC3B +0.008×LMNB1 +0.230×TAF9 +0.006×SYNGR4.高风险组肝癌患者的生存时间短于低风险组肝癌患者(P<0.05).(4)高风险组的肿瘤突变负荷高于低风险组(P<0.05).5-氟尿嘧啶、阿法替尼、阿培利司在低风险组中较敏感,而AT13148抑制剂在高风险组中较敏感(均P<0.05).结论 多个与M2 型巨噬细胞相关的基因在肝癌的发生和发展中具有重要作用,其中CLEC3B、LMNB1、TAF9、SYNGR4 与肝癌患者的预后密切相关,且有助于评估免疫治疗及抗癌药物的疗效.

关键词：肝癌、M2型巨噬细胞、生存分析、肿瘤突变负荷、免疫治疗、药物敏感性、生物信息学

所属期刊栏目：45

分类号：R735.7(肿瘤学)

在线出版日期：2023-10-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1718-1724