2型糖尿病关键信使RNA和微小RNA的鉴定

摘要：

目的 通过生物信息学方法鉴定2型糖尿病(T2DM)中的关键信使RNA(mRNA)与微小RNA(miRNA).方法 在GEO数据库下载T2DM相关数据集miRNA-Seq和mRNA-Seq.利用在线分析工具GEO2 R分析并筛选T2 DM和正常组织样品之间差异表达的mRNA和miRNA.针对差异表达的mRNA进行基因本体论和通路富集分析,并构建蛋白质互相作用(PPI)网络.利用在线工具miRDB预测差异表达miRNA的靶基因,取差异表达miRNA的靶基因与差异表达mRNA的交集,绘制miRNA-mRNA网络图,并预测与差异表达miRNA相互作用的转录因子.结果 (1)共筛选出40个差异表达的mRNA,主要与成人运动行为、pH调节等生物过程相关,涉及促胰酶素受体信号通路、钙黏着蛋白信号通路、果糖半乳糖代谢信号通路、γ-氨基丁酸合成信号通路、糖酵解等信号通路.通过构建PPI网络共鉴定出3个核心基因,包括表达下调的分泌素受体(SCTR),以及表达上调的促甲状腺激素受体(TSHR)、降钙素相关多肽α(CALCA).(2)共鉴定出67个差异miRNA,包括66个下调的miRNA和1个上调的miRNA.miRNA-mRNA网络分析结果显示,miRNA-16-5p是下调最明显的miRNA之一,其与miRNA-103 a-3 p、miRNA-107、miRNA-15 b-5 p共同靶向调控丙酮酸脱氢酶激酶4(PDK4).转录因子SP1、早期生长应答因子是差异表达miRNA最显著的潜在靶标.结论 SCTR、TSHR、CALCA可能是T2DM病理生理过程的主要参与者.miRNA-16-5p、miRNA-103a-3p、miRNA-107和miRNA-15b-5p通过靶向调控PDK4在T2 DM病理生理中起到重要作用.

关键词：2型糖尿病、信使RNA、微小RNA、调控网络、生物信息学

所属期刊栏目：43

分类号：R587.1(内分泌腺疾病及代谢病)

资助基金：广西高校科学技术研究项目;广西高校中青年教师科研基础能力提升项目

在线出版日期：2021-03-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：74-79