基于生物信息学分析筛选骨关节炎差异表达基因

摘要：

目的 基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因(DEGs),并分析其生物学功能.方法 从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品.利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs.利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体富集分析,利用京都基因与基因组百科全书数据库对上调DEGs进行信号通路分析.基于STRING数据库的信息识别蛋白质-蛋白质互相作用(PPI),使用Cytoscape软件3.4.0进行PPI网络构建.结果 共获得1145个DEGs,包括483个上调的DEGs和662个下调的DEGs.上调的DEGs主涉及受体活性、细胞黏附分子活性,主集中于细胞外组分、细胞膜、细胞外间隙等,主与细胞通信、信号转导有关.上调的DEGs显著富集于肿瘤坏死因子、细胞黏附分子、丝裂原活化蛋白激酶、黏着斑、细胞因子受体相互作用以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B等信号通路.白细胞介素(IL)-6、IL-8、胰岛素样生长因子(IGF)和血管紧张素原(AGT)等基因为PPI网络的核心基因.结论 IL-6、IL-8、IGF和AGT基因可能是参与骨关节炎发展的重基因.

关键词：骨关节炎、差异表达基因、生物信息学、基因本体富集分析、京都基因与基因组百科全书数据库通路分析、蛋白质-蛋白质互相作用网络

所属期刊栏目：41

分类号：R684.3(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)

资助基金：广西科学研究与技术开发计划桂科攻1598012-6;广西医药卫生科研课题Z20180803

在线出版日期：2019-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：2321-2325