不同来源相同背景人肿瘤细胞系的转录组特征比较

摘要：

目的 通过对来源不同而遗传背景一致的2种肿瘤细胞系进行转录组测序与分析, 了解不同条件对细胞潜在表型的影响, 为基于细胞模型的严谨药物筛选实验提供实验依据.方法 以新近由美国模式培养物保藏中心 (ATCC) 引入和实验室自存的人宫颈癌细胞HeLa和人肝癌细胞HepG2为实验对象, 采用二代高通量测序平台Illumina Novoseq进行转录组测序, 并对差异表达基因 (DEG) 进行基因本体 (GO) 功能和京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 通路富集分析、融合基因分析和变异位点分析;同时测序分析了不同培养时间对ATCC来源的HeLa细胞转录组的影响.结果 两种不同来源HeLa和HepG2细胞分别筛选出7366和8786个DEG, 经GO功能和KEGG富集将这些DEG分别归类于519和778个代谢通路.2株HeLa细胞的DEG主要富集于细胞外基质组织、物质代谢途径、癌症信号通路、细胞因子及其受体相互作用环节等, 2株HepG2细胞的DEG主要富集于细胞外基质组织、神经活性配体及其受体相互作用、癌症信号通路、丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK) 信号通路等;其中自存HeLa细胞癌信号通路减弱, 而自存HepG2细胞癌信号通路增强, 并伴有神经活性因子与受体结合活性、细胞因子与受体结合活性改变.此外, 由ATCC新引入的HeLa细胞在完全贴壁后6～24 h内, 离子通道、G蛋白偶联受体等多种细胞膜受体和胞内钙信号通路相关的基因显著改变.结论 与ATCC新引入的HeLa和HepG2细胞相比, 实验室自存的HeLa和HepG2细胞转录组发生显著变化, 涉及了广泛的细胞功能.通过细胞转录组测序可为了解细胞身份、控制药物筛选与评价的实验条件提供有用的信息.

关键词：肿瘤细胞、转录组测序、差异表达基因

所属期刊栏目：45

分类号：R-33;R394(医学研究方法)

资助基金：国家重点研发计划;国家自然科学基金;国家重点实验室开放基金

在线出版日期：2019-06-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：686-696