基于支持向量机预测蛋白质转导域的研究

摘要：

目的 蛋白转导域(PTD)是一类能携带分子穿越细胞膜的短肽,利用支持向量机对多肽片段PTD进行预测.方法 对来源于SwissProt数据库的多肽序列用68个特征值描述其整体和局部的理化特性以及空间结构特征,利用支持向量机(SVM)和直推式支持向量机(TSVM)并结合聚类的方法进行PTD的预测.结果 5次交叉验证的结果显示,TSVM的预测准确率达到(94±4)%,SVM预测准确率达到(94±5)%.2种预测方法共同预测了1210个可能的PTD片段.结论 TSVM和SVM均显示了很好的预测性能,预测的PTD为实验方法有目的 地发现、确认PT提供了基础.

关键词：蛋白转导域、支持向量机、预测、生物信息学

所属期刊栏目：33

分类号：Q51(蛋白质)

在线出版日期：2010-10-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：205-208