酒精性脂肪性肝炎差异表达基因的生物信息学分析

摘要：

目的 利用生物信息学方法筛选酒精性脂肪性肝炎(ASH)肝组织与正常肝组织间的差异表达基因,为探索ASH的关键基因和分子机制提供理论依据.方法 从基因芯片公共数据库下载ASH基因芯片数据集GSE28619和GSE103580,共包括ASH患者肝组织标本28例,正常肝组织标本7例.使用R软件对芯片数据进行整合并筛选出差异表达基因.采用在线DAVID分析软件对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集分析,应用R软件中Clusterprofiler包对差异基因进行KEGG信号途径分析,利用STRING及Cytoscape软件进一步构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件中的CytoHubba插件,综合12种拓扑分析方法筛选出前3个核心基因.结果 共筛选出28个差异表达基因,GO富集分析发现,差异表达基因参与了皮质醇反应 、Wnt蛋白活性 、细胞对细胞外刺激的反应 、转录因子活性 、转录激活因子活性及RNA聚合酶 Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等功能.KEGG通路分析发现,差异表达基因富集在唯一一个通路 —— 白细胞介素-17(IL-17)信号通路上.PPI分析得到3个核心基因,分别为CCL20、FOS及NR4A2,并且CCL20与FOS均富集在IL-17信号通路上.对PPI网络中的节点进行富集分析发现,其功能主要富集在信号转导上.结论 通过生物信息学分析,预测CCL20、FOS及NR4A2可能是介导ASH的核心基因,其中CCL20可能通过作用在IL-17信号通路上,被诱导激活后促进巨噬细胞 、中性粒细胞等炎症细胞的募集,从而介导ASH炎症发生.靶向调控IL-17信号通路有望成为ASH治疗的新型疗法.

关键词：酒精性脂肪性肝炎、基因芯片、生物信息学、差异表达基因

所属期刊栏目：41

分类号：R575.5(消化系及腹部疾病)

资助基金：西南医科大学青年基金2018-ZRQN-125

在线出版日期：2020-08-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1839-1843