基于生物信息学分析MicroRNA-199靶基因的预测及在肺发育中的作用

摘要：

目的 通过对胎儿期、围产期人羊水干细胞差异性基因生物信息学分析,课题组了解到miR-199家族(miR-199b-5p,hsa-miR-199b-3p,hsa-miR-199a-3p)在围产期羊水干细胞及生后肺组织中显著表达.通过对miR-199族进行靶基因预测,并对靶基因的信号通路富集,推论miR-199族基因在肺发育中的作用及其机制.方法 首先利用 miRDB,miRWalk,Starbase 等 3 个数据库进行 miR-199b-5p、miR-199b-3p、miR-199a-3p 的靶基因预测.其次利用基因本体(Gene Ontology,GO)功能数据库及KEGG数据库进行靶基因的信号通路的富集,并通过信号通路的富集结果推测可能在肺发育起到作用的相关通路.结果 miR-199b-5p、miR-199b-3p、miR-199a-3p调控的靶基因参与多种分子功能、细胞组分和生物学过程.在靶基因的信号通路富集结果中,涉及细胞自噬的有AMPK信号通路、P13k信号通路、RAS信号通路;涉及炎性调节的有T细胞受体调节通路、IL-7信号通路;涉及血管生成的有血管生成正性调节的相关通路;同时还有细胞对环境反应、细胞数量稳态等细胞表达调节的信号通路.结论 hsa-miR-199a-3p及hsa-miR-199b-5p的靶基因具有丰富的生物功能,对靶基因富集到的信号通路进行进一步分析得出以下结论:①hsa-miR-199a-3p及hsa-miR-199b-5p可能通过AMPK信号通路、动物自噬、P13k-Akt信号通路等通路上调细胞的自噬作用;②通过血管发育的正向调节、血管生成的正向调节促进肺发育中肺血管的生成或减轻肺损伤中肺血管重塑;③T细胞受体信号通路、ErbB信号通路及hIL-7信号通路通过对炎性介质的调节在肺损伤的过程中起到积极作用;④hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-199b-3P、hsa-miR-199a-3p 还具有 mRNA 加工的调控、DNA 损伤检查点、DNA损伤的信号转导反应等具有调控作用,对肺发育可能是有益的.

关键词：肺发育、miR-199、靶基因预测、生物信息学

所属期刊栏目：47

分类号：R714.51(妇产科学)

在线出版日期：2023-08-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1011-1014