‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子生物信息学分析
[目的]分析‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子家族.[方法]利用Kiwifruit Genome Database、EMBI、TAIR、SMART、Pfam、MEME、Protparam、SOPM、SWISS-MODEL、SignalP4.1 Sever网站,和ClustalX2、BioEdit、MEGA6.0、MapInspect、MEV软件,分析‘红阳’猕猴桃AP2/EREBP转录因子类型、结构域、系谱进化、蛋白理化性质及高级结构、信号肽分析、基因定位、序列元件和基因表达模式.[结果]‘红阳’猕猴桃全基因组中有204条AP2/EREBP转录因子,根据其结构域划分为4个亚家族.进行多序列比对和系谱进化分析,发现2个亚家族各分为6个亚组.生物信息学分析表明,204条蛋白氨基酸序列高级结构与拟南芥AP2/EREBP转录因子相似性较高.其中存在2条分泌型蛋白.基因定位表明,该家族基因在10号染色体无定位;有染色存在串联复制现象.同源拟南芥基因表达模式分析表明,AP2/EREBP转录因子对外界胁迫有显著性表达.[结论]利用生物信息学方法获得204条猕猴桃AP2/EREBP家族转录因子,并与拟南芥AP2/EREBP转录因子进行系谱进化、结构域、基因定位和同源表达等分析,结果表明猕猴桃AP2/EREBP转录因子在进化过程中比较保守,并参与了植物发育和胁迫直答调控.
猕猴桃、AP2/EREBP、转录因子、生物信息学分析
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S663.4(果树园艺)
国家林业局948项目“猕猴桃新品种及分子育种研究技术引进”2012-4-62;云南省林学一流学科建设经费;云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室开放基金;西南林业大学大学生创新基金C16063
2017-08-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共16页
790-805
