‘红阳’猕猴桃全基因组NBS-LRR类基因家族的生物信息学分析

摘要：

[目的]分析‘红阳’猕猴桃(Kiwifruit)中含有核苷酸结合位点(Nucleotide binding site,NBS)类基因.[方法]利用Kiwifruit Genome Database、Pfam和Coils Server网站,和Bioedit、MEGA 5.0、ClustalW软件,分析确定‘红阳’猕猴桃的NBS-LRR基因类型、结构和系统发育学关系.[结果]在‘红阳’猕猴桃全基因组中共有96个NBS-LRR类基因,其中27条NBS-LRR类基因分布在基因簇内,可根据其结构进一步划分为20类基因.并对NBS-LRR类基因家族进行了氨基酸多序列比对和系统进化树分析,发现整个NBS-LRR基因家族可分为三个亚家族.[结论]相对其他物种,‘红阳’猕猴桃NBS-LRR类基因总数少,缺少TIR结构,具有LRR结构的基因所占比重低,NBS结构不完整,这些特点可能与其感病性有关联.

关键词：猕猴桃、生物信息学、基因家族、NBS-LRR

所属期刊栏目：32

分类号：S663.4(果树园艺)

资助基金：浙江省科技厅科技攻关重大农业项目“猕猴桃分子标记辅助育种研究”项目编号:J31334

在线出版日期：2015-06-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：413-419