基于结肠癌癌变基因识别诊断分子标志

摘要：

目的:通过生物信息学方法筛选结肠癌癌变相关基因,以期发现可用于临床诊断的结肠癌分子标志物.方法:基于GEO数据库筛选活检组织中正常结肠黏膜、结肠腺瘤、结肠癌随肿瘤进展差异表达的基因,采用GO、KEGG进行功能通路富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件挖掘结肠癌癌变特征基因(CRCCG),基于独立数据集和GEPIA数据库验证其表达水平并进行生存分析.GSVA计算CRCCG-GSVA评分,ROC曲线分析并验证GSVA评分的诊断价值.结果:在数据集GSE37364筛选出183个随结肠癌进展呈显著差异表达的基因.进一步分析发现差异基因主要参与肿瘤相关的多个生物过程和信号通路.差异基因构建蛋白质互作网络利用cytoHubba插件筛选出11个CRCCG(ANLN、CXCL11、CXCL3、CXCL8、GZMB、IL1B、MMP3、SHCBP1、TIMP1、TRIP13、UBE2C).手术组织样本和GEPIA数据库验证CRCCG与活检组织样本中表达趋势一致,均随着肿瘤进展表达水平显著升高.ROC曲线分析揭示CRCCG-GSVA评分具有很高的诊断价值并在手术组织样本数据集中得到验证,预后分析发现CXCL3、IL1B和TIMP1基因的表达水平与患者总体生存期显著相关.结论:本研究通过生物信息学分析得到CRCCG可能是潜在的结肠癌诊断分子标志,为结肠癌的临床诊断和治疗提供新方向.

关键词：结肠癌、癌变、生物信息学分析、差异表达基因、分子标志

所属期刊栏目：43

分类号：R735(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;江西省重点研发计划项目;江西省教育厅科学技术研究项目;江西省教育厅科学技术研究项目;赣南医学院校级课题;赣南医学院校级课题

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：219-227