甲状腺乳头状癌相关基因的生物信息学分析

摘要：

目的:通过对基因表达综合数据库(Gene expression omnibus,GEO)中甲状腺乳头状癌(Papillary thyroid carcinoma,PTC)样本的测序数据进行生物信息学分析,筛选出PTC新的潜在调控分子靶标,促进PTC的机制研究.方法:从GEO中搜索PTC及正常甲状腺组织样本的转录组测序数据,通过多种在线网站及R软件筛选出差异表达基因,进行功能富集分析及蛋白相互作用关系分析,寻找可能影响PTC发生发展的潜在核心基因.结果:共筛选出100个差异上调和60个差异下调基因,功能富集分析结果显示差异基因主要富集在蛋白质细胞外基质、钙离子结合、基底膜、细胞表面、胶原蛋白结合、肝素结合、兴奋性突触、细胞粘附等功能中.构建蛋白互作网络图提示FN1、SerpinA1、PLAU、APOE、TOP2A、CDH2、BUB1、ASPM、MKI67、APOC1等为互作网络的核心基因.经过肿瘤基因组图谱(The cancer genome atlas,TGCA)数据及人蛋白质数据分析,Top10核心基因中有3个为显著差异表达基因,即FN1、SerpinA1和CDH2.结论:甲状腺乳头状癌患者与健康人群的甲状腺组织的整体基因表达存在明显差异,差异基因FN1、SerpinA1、CDH2有望作为PTC机制研究、诊断的可靠分子标记物.

关键词：甲状腺;乳头状癌;转录组测序;差异表达

所属期刊栏目：41

分类号：R736(肿瘤学)

在线出版日期：2021-08-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：653-659