求解两物种小系统发育问题的遗传算法题

摘要：

基于复制-丢失比对(DLA)问题模型,研究了复制-丢失(D-L)演化模型下两物种(2-species)小系统发育问题(SPP),缩写为2-SPP-DL问题.通过引入比对算法、标记算法及3种智能变异算子,提出了求解2-SPP-DL问题的遗传算法——G2SP算法.G2SP算法采用普通算子和智能算子相结合的方式,普通算子能有效地保持种群的多样性,而智能算子则能提高种群的收敛性,使其更快地进化到最优解区域.利用4种真实菌属的tRNA和rRNA基因数据对算法性能进行测试,实验结果表明,G2SP算法能够获得较PBLP算法更小的进化代价,是求解2-SPP-DL问题的一种有效方法.

关键词：复制、丢失、两物种小系统发育问题、序列对比、遗传算法

所属期刊栏目：25

分类号：TP3;TN9

资助基金：国家自然科学基金61363035,61165009,61272535;广西高等学校科学技术项目2013YB028;“八桂学者”工程专项,广西多资源信息挖掘与安全重点实验室系统性研究基金14-A-03-02;广西区域多源信息集成与智能处理协同创新中心资助项目

在线出版日期：2015-07-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：219-227