一种基于最少片段删除模型重建单体型的粒子群优化算法

摘要：

利用最少片段删除(MFR)模型研究了个体单体型重建的算法.利用单核苷酸多态性(SNP)位点杂合率低的特性,引入了一种短粒子编码方式,提出了一种重建单体型的粒子群优化算法P-MFR.利用国际人类基因组单体型图计划发布的CEPH样本(祖籍是北欧或西欧的美国犹他州人)中60个个体在1号染色体上的单体型进行实验分析,实验结果显示,与以往求解MFR模型的算法相比较,P-MFR算法能够获得更高重建率的单体型.此外,由于采用了较短的粒子位置编码方式,P-MFR算法在重建长单体型时仍具有较高的执行效率,有很好的实用价值.

关键词：单核苷酸多态性、单体型、最少片段删除、粒子群优化、编码

所属期刊栏目：19

分类号：TP3;TH1

资助基金：国家自然科学基金重点项目:生物信息学中的相关组合理论和算法研究60433020;新世纪优秀人才支持计划NCET-05-0683;长江学者和创新团队发展计划IRT0661

在线出版日期：2009-04-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：194-199