基于基因功能表达谱的疾病分类:抗基因缺失的稳健性

摘要：

利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗基因表达变异,抗检测误差,并可以显著地降低分类特征维数(参与疾病分类的基因数目).采用淋巴瘤数据集,比较了基于功能表达谱和常规的基因表达谱的决策树分类器.结果显示,基于功能表达谱可以得到高准确度的疾病样本分类结果,能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释.通过仿真分析,进一步显示了基于功能表达谱的分类方法具有抗基因检测缺失的稳健性.

关键词：基因表达谱、基因功能表达谱、Gene Ontology(GO)、决策树、稳健性

所属期刊栏目：15

分类号：Q81(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家自然科学基金30370798,30170515,30370388;国家高技术研究发展计划863计划2003AA2Z2051,2002AA2Z2052

在线出版日期：2005-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：78-81