MPP并行机上数亿粒子规模的分子动力学模拟

摘要：

提出一种基于"块-单元-链表"数据结构和HSFC动态负载平衡的并行分子动力学算法,实现了大规模、非均匀分子动力学模拟的基于MPI的可扩展并行计算,以辅助物理学家实现具有实验意义的纳米级模拟.具体地,在某MPP并行机的240个CPU上,计算3.84亿(二维)和2.76亿(三维)个粒子规模的金属微喷射问题,均获得了209倍以上的加速比.

关键词：并行分子动力学、动态负载平衡、块-单元-链表

所属期刊栏目：14

分类号：TP3;TP1

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2002AA104570;国家自然科学基金60273030;国家重点基础研究发展计划973计划G1999032805;中国工程物理研究院重大基金2002Z01041

在线出版日期：2004-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：10-13