金属核酸酶及寡聚酰胺与双链DNA分子对接模式的理论研究

摘要：

采用分子对接软件AutoDock分别研究了金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接模式. 研究结果表明, 金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接结果与实验数据吻合得较好. 在金属核酸酶与DNA的对接中, 最优构型都是金属核酸酶对接在DNA的小沟内. 随着中心金属上电荷的增加, 最大对接能呈现上升趋势. 尤其是配体体积较小的金属核酸酶, 最佳对接位点受中心金属上电荷影响较大, 即随着中心金属上电荷的从少到多, 最佳对接位点呈现多样化的趋势. 在柔性分子寡聚酰胺与双链DNA分子的对接中, 分子随DNA小沟的柔性变形是对接结合的关键. 其最佳的结合物位点也都是在DNA的小沟内, 其对接结果与晶体结构一致.

关键词：金属核酸酶、分子对接、寡聚酰胺、AutoDock程序

所属期刊栏目：30

分类号：O641(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家重点"九七三"计划G2004CB719900;国家自然科学基金20673011, 20631020, 20503002 和20771017

在线出版日期：2009-06-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：781-785