蛋白质结构建模的后期优化策略

摘要：

以Lip8为研究对象, 以分级开放式优化和组合优化为优化策略, 分别采取四种不同的优化手段对相同的初始模型进行了优化, 同时比较了含水体系与不含水体系的优化过程, 最终获得8个相应优化后的蛋白模型. 采用Procheck, Errat, Profile 3D及Ramachandran 图等方法对上述8个模型进行评估. 通过比较各项评估结果, 研究了不同优化方法对最终模型准确性的影响, 结果表明, 优化过程中采用分级开放式策略, 同时考虑显性溶剂(水)体系和加入分子动力学优化的优化方法可以获得相对最优结构.

关键词：同源建模、分级开放式优化、显性溶剂、分子动力学

所属期刊栏目：29

分类号：O641(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家自然科学基金3057395

在线出版日期：2008-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：977-980