SARS病毒E蛋白的计算机模拟的初步研究

摘要：

以粗粒化的多肽链模型进行了SARS病毒包膜中E蛋白的计算机模拟, 描述了该蛋白质空间构象的概貌.首先扩展了多肽链的HP模型, 使之能够用于研究在水或脂环境下蛋白质折叠的行为, 并且考虑了全部氨基酸残基疏水相互作用能的差异.相关格子链的Monte Carlo模拟显示了很高的计算效率.模拟再现了蛋白质的coil-globule转变, 验证了蛋白质序列分布的重要性.结果表明, 在水环境中, E蛋白质空间结构由紧致的疏水内核和部分向外延伸的亲水片段组成; 在脂环境中, 中部疏水片段会成为向外延伸的环, 而当两侧紧致的亲水片段分开时, 则形成桥.

关键词：蛋白质折叠、计算机模拟、高分子构象统计、SARS冠状病毒、生物信息学

所属期刊栏目：24

分类号：Q939.4(微生物学)

资助基金：国家自然科学基金29825109,20174006;高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划;国家重点基础研究发展计划973计划G1999054306-03;国家高技术研究发展计划863计划2001AA215451;上海市科技发展基金02DZ11010

在线出版日期：2003-11-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1406-1409