博罗红豆叶绿体基因组测序与特征分析

摘要：

为丰富惠州市特有极小种群植物博罗红豆Ormosia boluoensis的叶绿体基因组资料,进一步为其种质资源鉴定,分子标记开发提供参考依据,文章基于高通量测序方法完成了博罗红豆不同分布点的叶绿体基因组测序,并运用生物信息学和系统基因组学方法分析其结构、基因构成的特征.结果表明:(1)4 个采样点博罗红豆的基因组长度分别为 174 713、174 694、174 695、174 861 bp,基因组总GC含量分别为36.22%、35.76%、36.42%、36.07%,都具有典型的环状四分体结构;(2)博罗红豆叶绿体基因组包含有142 个基因,包括97 个蛋白质编码基因(PCG),8 个核糖体RNA基因(rRNA),37 个转运RNA基因(tRNA);(3)博罗红豆叶绿体基因组中共检测到28 225 个密码子,这些密码子中编码亮氨酸(Leu)、丝氨酸(Ser)和精氨酸(Arg)的种类最多且均达到 6 种,使用频率最多的是编码异亮氨酸(Ile)的AUU(1 241 个)密码子;(4)进一步对其简单重复序列(SSR)及核苷酸多样性分析结果表明,博罗红豆叶绿体基因组具有较高的单核苷酸重复类型SSR,并在LSC区域检测到 4 个核苷酸多态性变异热点区域.

关键词：叶绿体基因组、测序、特征、博罗红豆

所属期刊栏目：40

分类号：S718.3(林业基础科学)

资助基金：惠州市科技计划项目2022CQ010011

在线出版日期：2024-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：105-113