日本荚蒾转录组SSR位点分析及多态性SSR标记开发

摘要：

基于极小种群日本荚蒾的转录组测序数据对SSR位点进行检索,分析该物种SSR位点的分布特征,并进一步开发出49个有效的SSR标记,在12份材料中,19个标记显示出多态性,这些标记可以用于后续的遗传学研究.SSR位点分析结果显示,在11 244条Unigene上共检测到16 059个SSR位点,SSR位点的出现频率为20.72％,平均每3 800 bp出现一个SSR位点.在SSR所有重复类型中,以二核苷酸重复位点数量最多,共12 065个(75.13％),五核苷酸重复位点数则最少.SSR重复基元类型丰富,共计282种,优势基序分别是 AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT 和 AGAGGG/CCCTCT.不同重复位点的长度分布范围较广,介于8～84 bp,其中以12～18 bp为主,共包含9 684个SSR位点(60.30％).SSR标记的多态性分析结果显示,70对SSR引物中,有49对SSR引物扩增出条带,其中19对SSR引物在12份材料中显示出多态性,共扩增出52个等位基因,多态信息含量(PIC)的平均值为0.36.本研究明确了极小种群日本荚蒾SSR位点分布特征,开发出的多态性SSR标记可用于日本荚蒾的遗传多样和居群结构研究,为该珍稀濒危物种制定保护策略.

关键词：日本荚蒾、转录组SSR、位点分析、标记开发

所属期刊栏目：20

分类号：S512.1;S641.3;Q943.2

资助基金：浙江省省院合作林业科技项目;浙江省省属科研院所扶持专项

在线出版日期：2023-01-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：7183-7192