基于简化基因组测序的树莓(Rubus corchorifolius)遗传分析

摘要：

为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近,分析群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记.本试验选用23份栽培种树莓利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序,以黑树莓(Rubus occidentalis基因组为参考基因组进行酶切预测,对照选择粳稻(Oryza sctiva spp.japonica)品种日本晴的测序数据进行比对分析.本研究共获得59.93 Mb的读长数据,读长范围在1 960 847～5 046 748之间,对照数据的双端比对效率为95.60％,酶切效率为93.52％,测序质量值Q30平均为95.07％,所有样品GC含量均值为39.16％,共获得425 402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121 610个.获得749 81 1个有效单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP),利用这些SNP对23份树莓材料完成系统进化树,群体的PCA分析,从群体结构分析结果发现这23份树莓都来源于同一祖先,只是在生长发育过程中发生了遗传分化.

关键词：树莓(Rubus corchorifolius)、简化基因组、测序、遗传分析

所属期刊栏目：17

分类号：S85;R37

资助基金：中央引导地方科技发展专项项目ZY17C07

在线出版日期：2020-01-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：7338-7343