基于多重PCR靶向测序技术建立临床病原菌检测方法

摘要：

目的 针对不同临床样本(肺泡灌洗液、痰液、血液)中常见的22种病原菌,建立一种基于多重PCR靶向二代测序(mPCR-NGS)的高通量检测方法.方法 选取2018年10月至2019年2月中山大学附属第一医院和广州军区广州总医院共84例临床样本和5种病原菌混合的模拟感染样本,对检测方法进行测试,并根据测序序列区分病原菌种类.通过生物信息学方法筛选和设计三种临床样本中常见22种病原菌的特异性引物,并通过多重PCR和二代测序调整引物扩增效率,建立多重PCR靶向二代测序高通量检测体系.结果 PCR验证结果表明,针对22种病原菌所设计的44对引物均具有良好特异性;引物终浓度经调整,扩增均一值在0.33～2.37之间.本研究建立的mPCR-NGS方法对鲍曼不动杆菌、白色念珠菌、肺炎链球菌、大肠埃希氏菌和金黄色葡萄球菌5种菌混合的模拟样本进行验证,其检测下限是3 copies.在11例血液样本中,有6例样本属于单一感染,与临床结果完全一致;5例样本属于混合感染,其中样本1、3、7、10的病原菌感染种类与临床结果不完全一致.在84例临床样本检测中,mPCR-NGS共检测出16种病原菌,其中检出最多的病原菌是鲍曼不动杆菌(28/84),次之是缓症链球菌(13/84),第三位是嗜麦芽窄食单胞菌(12/84);mPCR-NGS检测阳性率为69.05%,高于临床培养结果的阳性率(53.57%);两种检测方法结果完全一致的样本共39例,总一致率为46.43%.结论 多重PCR靶向二代测序检测技术是一种快速、准确、高效的检测方法,可用于肺泡灌洗液、痰液、血液中22种临床常见病原菌的快速、高通量检测.

关键词：二代测序、多重PCR、临床病原菌、高通量检测

所属期刊栏目：15

分类号：R378;R742.3;R969.3

资助基金：广东省重点研发计划2020B1111160004

在线出版日期：2023-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1473-1477