下一代测序法检测乙型肝炎病毒YMDD突变的方法学建立及性能评价

摘要：

目的 建立乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法,并对此方法 进行性能评价.方法采用离心柱法提取血清标本中的DNA,设计引物对乙型肝炎病毒P基因区扩增并靶向捕获,通过下一代测序技术对捕获的DNA进行检测,利用生物信息学分析软件系统对检测结果 进行分析,得到基因突变结果,建立下一代测序用于乙型肝炎病毒YMDD突变的检测方法.收集慢性乙型肝炎患者血清样本共229例,采用下一代测序法和Sanger测序法同时检测YMDD基因突变,评价下一代测序法的检测性能.选取5例基因突变阳性的样本(包含不同基因突变型别)、2例基因突变阴性样本,采用下一代测序法对所选样本进行重复检测,评价该方法的重复性.结果建立了乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序检测方法.对229份临床样本的检测中,2种测序方法均检测到74例(74/229,32.31％)YMDD突变,其中下一代测序法检测到44例(44/229,19.21％)rtM204V突变,25例(25/229,10.92％)rtM204I突变,5例(5/229,2.18％)rtM204V/I混合突变.Sanger测序法检测到47例(47/229,20.52％)rtM204V突变、25例(25/229,10.92％)rtM204I突变和2例(2/229,0.87％)rtM204V/I混合突变.下一代测序法检测到3例Sanger测序法漏检的rtM204V/I混合突变.与Sanger测序法相比,下一代测序法的灵敏度、特异度和准确度均为100％,突变类别完全符合率为95.95％(71/74),部分符合率为4.05％(3/74).2种方法的一致性(κ)为0.97(P<0.01).经重复性试验检测,下一代测序法的检测结果均一致,重复性符合率为100％.结论 本研究建立的乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法灵敏度高,特异性好,重复性好,准确性高,比Sanger测序法更灵敏,能检测到更多的混合突变,为乙型肝炎病毒耐药基因检测提供了新的手段.

关键词：下一代测序法、Sanger测序法、YMDD、HBV耐药基因

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资助基金：广东省科学基金2014A030313143

在线出版日期：2019-12-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：446-450,484