用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法

摘要：

蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段.在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法.根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和基于质谱峰强度的方法.本研究主要用EM算法改进基于鉴定蛋白质谱数的定量方法,并用免疫印迹实验获得的酵母全蛋白的丰度来验证EM算法改进后定量的有效性.结果表明,改进后的质谱数和蛋白丰度的相关性比改进前有一定的提高.同时,利用这些数据对主要的几种基于鉴定蛋白的质谱数的模型进行了比较,发现PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不适合于蛋白质定量.

关键词：EM算法、鸟枪法、蛋白无标记定量、质谱数

所属期刊栏目：35

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金30321003;国家高技术研究发展计划863计划2002BA711A11;2004BA711A21;国家重点基础研究发展计划973计划2001CB510209;北京市科技计划H03023080590

在线出版日期：2007-03-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：19-24