基于GEO数据库对骨关节炎滑膜差异基因的筛选及生物信息学分析

摘要：

目的:利用生物信息学对骨关节炎与正常关节滑膜间差异基因进行分析,探索骨关节炎的发病机制.方法:从GEO数据库下载关节滑膜基因芯片数据库,利用GEO2R筛选出差异基因,DAVID 6.7数据库对差异基因进行功能GO分析及KEGG信号通路分析,String-db数据库构建蛋白之间的相互作用网络图(PPI),并采用Cytoscape 3.6.1软件获取关键靶基因.结果:GEO2R共筛选出差异基因490个,包含上调基因61个,下调基因429个,其主要涉及细胞分化、细胞生长、骨骼肌器官发育、cAMP反应等生理过程,且主要富集在细胞外基质受体互作、近端肾小管重吸收碳酸氢盐、胃酸分泌、催产素、环磷酸腺苷/蛋白激酶G、脂肪细胞因子信号通路中.从PPI网络中共获取13个关键靶基因,包含FOS、SMARCA4、SOCS3、LEP、FBXO32、MYOD1、TRIM63、SMARCA2、CALB1、MAPK12、ADIPOQ、TTN、EGR1.结论:利用生物信息学从不同角度揭示骨关节炎与正常关节滑膜间差异基因潜在特征,为骨关节炎的治疗提供新的思路.

关键词：骨关节炎、滑膜、差异基因、生物信息学

所属期刊栏目：8

资助基金：国家自然科学基金81572219

在线出版日期：2019-04-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：16-20,26