应用EST策略鉴定人类新基因UBAP1的数字化差异表达图谱

摘要：

背景与目的:UBAP1(ubiquitin associated protein1)基因是我们先前在人类染色体9p21-22鼻咽癌杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)高频区所获得的一个鼻咽癌相关新基因.进一步地,我们应用EST策略鉴定UBAP1基因在多种肿瘤组织中的差异表达谱.方法:采用基于生物信息学的电子杂交方法,即以UBAP1基因的全长cDNA为"探针",利用计算机对人类表达序列标签(expressed sequencetag,EST)和Unigene等数据库中代表UBAP1的EST在各类肿瘤及相应正常组织cDNA文库中的分布进行综合分析,研究UBAP1基因的数字化差异表达图谱.同时采用差异RT-PCR方法对UBAP1在3种肿瘤活检组织中的差异表达进行验证.结果:电子杂交结果表明UBAP1基因不仅在42种人类正常组织中广泛表达,而且在11种肿瘤组织中存在可能的表达差异,尤其是在脑瘤、乳腺癌、结肠癌、皮肤癌、睾丸癌和宫颈癌等肿瘤组织中表达显著下调(P<0.05),而在肾癌、胰腺癌中高表达(P<0.05).进一步采用差异RT-PCR方法发现UBAP1基因在64%的脑膜瘤和72%的结直肠癌活检组织中具有明显表达缺失/下调.结论:UBAP1基因有可能与多种肿瘤的发生发展密切相关,有必要深入研究UBAP1基因的表达异常参与肿瘤发生发展的分子机制.

关键词：表达序列标签、基因表达、UBAP1基因

所属期刊栏目：21

分类号：Q753;Q755(分子遗传学)

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划102-10-01-05、Z19-01-01-03;国家重点基础研究发展计划973计划G1998051008;美国中华医学会资助项目96655

在线出版日期：2004-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：225-228