基于FPGA的Smith-Waterman 算法的加速与实现

摘要：

Smith-waterman算法广泛用于生物序列比对中,但是生物序列比对的数据量极大,为了缩短比对时间,减少成本,本文提出了一种高度并行化的smith-waterman算法.此方案不仅优化了序列比对模块,利用FPGA的高度并行运算能力,并且提高了算法总的运算速度.由实验结果证明实现的速度可达到294.6GCUPS,优于目前已知的其他设计.同时与常规硬件描述语言编程相比,本文采用OpenCL代码规范进行开发,在CPU+FPGA的异构平台上显著减少了代码量,并缩短了开发时间.

关键词：FPGA、Smith-Waterman算法、OpenCL、序列比对、并行循环

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资助基金：深圳市科技研发资金JCYJ20160331114526190

在线出版日期：2019-11-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：91-94