CUDA加速的DNA-蛋白质匹配及其优化

摘要：

设计实现了一种使用统一计算设备架构(CUDA)加速DNA-蛋白质匹配的方法.详细介绍了一种基于退火算法的DNA-蛋白质匹配方法和CUDA的特点,从计算的角度对匹配方法进行了分析.基于CUDA设计实现并行化方法,并根据CUDA的线程调度策略对并行方法进行了优化.实验结果表明,最大可获得15倍左右的加速比.

关键词：DNA-蛋白质匹配、统一计算设备架构、退火算法、线程调度

所属期刊栏目：39

分类号：TP393(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2013-10-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：135-138