饲粮中性洗涤纤维水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响

摘要：

本研究旨在利用高通量测序技术研究饲粮中性洗涤纤维(NDF)水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响.选用6只山羊进行3×3拉丁方试验,依据饲粮NDF水平分为低(35.01%, LN组)、中(40.10%,MN组)和高NDF水平组(45.16%,HN组),每组2只.分3期进行饲养试验,每期试验20 d,其中预试期14 d,正试期6 d.正试期结束后采集山羊瘤胃内容物,提取细菌总DNA后,用细菌通用引物对16S rRNA的V4区进行PCR扩增,扩增产物用Illumina HiSeq 250PE测序平台进行高通量测序,测序结果用QIIME 1.8.0等生物信息学软件进行分析.结果表明:1)HN组的瘤胃液氨态氮(NH3?N)浓度极显著低于LN组和MN组(P<0.01);LN组瘤胃液乙酸/丙酸显著低于HN组(P<0.05),但MN组与其他2组无显著差异(P>0.05).2)各组间Chao1指数和Shannon指数的差异均不显著(P>0.05);LN组observed species指数显著高于其他2组(P<0.05),其他2组间则无显著差异(P>0.05).3)在门水平上,3组间所有细菌的相对丰度差异均不显著(P>0.05);在属水平上,HN组普雷沃氏菌科UCG?001(Prevotellaceae UCG?001)、普雷沃氏菌科 UCG?003(Prevotellaceae UCG?003)和瘤胃球菌科 UCG?014(Ruminococ?caceae UCG?014)的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05);HN组瘤胃球菌科NK4A214(Rumi?nococcaceae NK4A214 group)、瘤胃球菌科UCG?005(Ruminococcaceae UCG?005)的相对丰度显著高于LN组(P<0.05);HN组SP3?e08和Lachnoclostridium 10的相对丰度显著低于其他2组(P<0.05);LN组解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)相对丰度显著高于其他2组(P<0.05);MN组赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和叶杆菌属(Phyllobacterium)的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05),食物谷菌属(Victivallis)的相对丰度极显著高于其他2组(P<0.01).综合得出,饲粮NDF水平在35.01%~45.16%变化时,显著影响山羊瘤胃液NH3?N浓度和乙酸/丙酸,显著影响瘤胃Prevotellaceae UCG?001、Prevotellaceae UCG?003等多种菌属的相对丰度.

关键词：中性洗涤纤维、细菌、高通量测序、发酵参数

所属期刊栏目：30

分类号：S826(家畜)

资助基金："十三五"国家重点研发计划项目"畜禽现代化饲养关键技术研发"

在线出版日期：2018-05-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1377-1386