基于LDA模型和MDS算法的多基因组可视化

摘要：

面向多基因组的研究,以建模多个体关系和比较个体差异为主要研究内容.多基因组可视化可以帮助研究者依据多个体关系,有目的地分析、比较多基因组之间的差异.多个基因组遗传变异层面的比较,因为变异数量巨大、并且绝大部分变异并无信息性,故而很难在有限的显示空间内可视化.本文根据多基因组可视化的需求,分析了多基因组可视化的数据降维策略,提出了基于LDA模型及KL散度的多基因组相似度求解方法,建立了基于MDS算法的多基因组可视化降维方法,并使用千人基因组第三阶段的基因组变异数据,验证上述方法的可靠性.

关键词：可视化、多基因组、LDA模型、MDS算法

所属期刊栏目：5

分类号：TP18(自动化基础理论)

在线出版日期：2015-05-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：36-38,42