基于CUDA平台的数据库序列比对算法加速

摘要：

在生物信息学中,数据库序列比对是极为常用的操作,Smith-Waterman算法是最流行的序列比对算法,精确度高,但是计算复杂度高,在进行大量的序列比对非常耗时.另外,生物技术的发展使得已知的序列数据库变得越来越庞大,这导致进行数据库序列比对所消耗的时间也越来越长,因而有必要加速数据库序列比对算法.NVIDIA提出了CUDA编程架构,相比之前的GPGPU具有更好的可编程性,用户可以更轻松地发掘出GPU强大的计算能力.在CUDA平台上实现了Smith-Waterman的数据库序列比对算法的并行加速,速度优于已有的基于GPU的实现,超过了基于启发式算法的BLAST算法执行速度.

关键词：序列比对、Smith-Waterman算法、CUDA、GPU计算

所属期刊栏目：3

分类号：TP37(计算技术、计算机技术)

资助基金：中央高校基本科研业务费专项资金项目2010YJ19

在线出版日期：2013-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：44-49