两种单色鲤皮肤转录组特征分析

摘要：

为了探究全红鲤(Cyprinus carpio)和全黄鲤的基因资源,采用Illumina Hi-seq测序技术对两种单色鲤的皮肤进行转录组测序,并对差异表达基因进行注释和富集分析.结果表明:对体长为(33.42±0.24)cm的全红鲤和体长为(38.75±0.43)cm的全黄鲤皮肤测序,分别获得干净数据(clean reads)为129 222 850 和 130 869 572 个;与Nr、Nt、COG、GO、KEGG、Pfam和Uniprot数据库中已知基因进行比对,分别有 58 782、61 490、11 468、31 206、31 581、61 385 和 51 805 个基因获得注释,7 个数据库中均有注释的基因数为 8 378 个;在全红鲤和全黄鲤皮肤中存在 4 822 个差异表达基因,其中,显著上调1 929个,显著下调2 893 个;取其中9 个差异表达基因进行qRT-PCR验证,证实了转录组数据结果的可靠性;在差异表达基因中,筛选获得了部分参与体色调控的基因,包括mitfa、ednrA、wnt7、agouti和mif等;KEGG分析发现,差异表达基因极显著富集在甘露糖与果糖代谢、糖酵解/糖原异生途径、碳代谢、磷酸戊糖途径和酪氨酸代谢等 43 条通路;对酪氨酸代谢和黑色素合成通路分析发现,与红色素和黄色素合成相关的基因mif、mif4g、agouti、ednrA 和 ednrB 等显著上调,与黑色素合成相关的基因 tyr、tyrp1、mitfa 和wnt7 等显著下调;差异基因变异分析发现,全红鲤和全黄鲤中均存在的单核苷酸多态性标记(SNP)共388 673 个.研究表明,两种单色鲤皮肤组织中差异表达基因主要富集在能量代谢、生长和免疫等通路中,获得的转录组信息可为今后锦鲤分子标记的开发及功能基因的克隆、编辑和功能分析等提供基础数据.

关键词：鲤、皮肤、转录组、差异表达基因、代谢通路

所属期刊栏目：38

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：北京市农业农村局、北京市财政局;北京市园林绿化局北京市观赏鱼种质创制;品种选育联合攻关项目;北京市财政局北京淡水鱼种质资源保存;北京市财政局;北京市农业农村局观赏鱼产业技术体系北京市创新团队-育种与繁殖岗位专家专项;天津市财政局;天津市农业农村委天津市海水养殖产业技术体系海水观赏水族岗位项目;天津市水产研究所观赏鱼创新团队项目

在线出版日期：2023-03-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：22-31