全基因组关联研究中NanoDrop检测D260/D230值在DNA质检中的意义

摘要：

目的 探讨NanoDrop检测D260/D230值对全基因组关联研究(GWAS)中DNA标本质检的意义.方法 收集1 494例强直性脊柱炎(AS)患者的血液DNA样本,分别用NanoDrop和PicoGreen检测样本浓度.第一阶段,对24例NanoDrop和PicoGreen浓度＞50 ng/μL的DNA样本行Omni中华8芯片检测,比较16例芯片成功样本与8例失败样本的D260/D280值及D260/D230值.第二阶段,选取1 122例NanoDrop和PicoGreen检测浓度均大于50 ng/μL DNA样本行管家基因GAPDH的PCR检测,并对PCR反应成功的样本行Omni中华8芯片检测.采用Mann-Whitney U检验比较PCR反应成功与失败DNA样本的D260/D230值,采用受试者工作特征(ROC)曲线评价D260/D230值对PCR结果的鉴别效率.结果 第一阶段中,芯片成功与失败样本的D260/D280值差异无统计学意义(P=0.444),而D260/D230值差异有统计学意义(Z=-3.920,P＜0.001);第二阶段中,PCR成功的DNA样本基因分型检测成功率为100％,PCR成功与失败组的D260/D230值比较差异有统计学意义(Z=-5.983,P＜0.01).D260/D230值预测PCR结果的曲线下面积(AUC)为0.727;最佳诊断点的D260/D230值为0.89;特异度为0.95时的D260/D230值为2.305.结论 在进行GWAS时,浓度及D260/I2s0值均较好而D260/D230值较低的DNA样本可能含有较多杂质,需联用PCR检测以确保样本质量;D260/D230值≥2.305时,样本纯度满足GWAS芯片检测的要求,可省略PCR检测.

关键词：全基因组关联研究、D260/D230值、NanoDrop、PicoGreen、质量控制、聚合酶链反应、管家基因

所属期刊栏目：38

分类号：R349.8(人体生物化学、分子生物学)

在线出版日期：2018-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1444-1448