基因组大数据变异检测算法的并行优化

摘要：

序列比对和变异检测是基因组数据分析的基础步骤,是后续各种功能性分析的前提,也是基因组数据分析中最耗时的环节.为有效处理高通量测序技术产生的海量基因组大数据,采用OpenMP、MPI等技术,对序列比对算法和SNP检测算法进行了多级并行优化,并对相关算法进行了改进.在不同数据集和并行规模下的测试中,核心算法加速比达到9倍以上,大规模测试中算法的并行效率保持在60％以上,在保证精度的前提下获得了良好的并行性能和可扩展性,有效提高了基因组大数据变异检测的能力.

关键词：序列比对、SNP、OpenMP、MPI

所属期刊栏目：6

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家重点研发计划基金资助项目;国家自然科学基金资助项目

在线出版日期：2020-12-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：16-28