基于小生境改进的遗传算法求解多序列比对问题

摘要：

基于多核平台设计了一个求解多序列比对问题的改进遗传算法。该算法采用一致性函数作为个体的适应度函数，引进小生境技术，维持种群进化的多样性，以改善算法的整体搜索能力。考虑遗传算法本身具有较好的并行性，对其各算子针对多核平台进行了并行化设计。通过对BAli-BASE中的测试例进行测试，与已有的算法相比取得了更优的结果，证明该算法是有效的。并行化设计使算法在多核平台的运行时间显著缩短，加速效果明显。

关键词：多序列比对、小生境遗传算法、多核、并行

所属期刊栏目：29

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：海南省重点研发资助项目ZDYF2016153；长江大学工程技术学院基金项目资助2016KY13

在线出版日期：2016-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：34-38